اصلی‌ترین مرحله از فرآیند ذخیره‌سازی سلول‌های‌بنیادی‌خون‌بندناف پس از انتقال نمونه، انجام جداسازی سلول‌های بنیادی با دو روش دستی و اتوماتیک (سیستم سیپکس) است. فرآیند جداسازی سلول‌های‌بنیادی‌خون‌بندناف در آزمایشگاه پردازش، پس از بررسی اولیه نمونه خون دریافتی (از نظر وزن، حجم و تعداد سلول اولیه و تایید قابلیت فریز یا فسخ قرارداد) صورت می‌پذیرد. بررسی آمار سال‌های گذشته، نشان‌دهنده افزایش میانگین ریکاوری سلول‌های ذخیره شده است که از مهمترین شاخص های کیفی به‌شمار میرود. این شاخص از 74.3 درصد در سال 90 به 84 درصد در سال 1400 رسیده‌است. از دلایل بهبود این شاخص، می‌توان به کاهش زمان جمع آوری نمونه تا شروع فرآیند جداسازی، ارتقا کیفیت عملکرد خونگیران، بهبود کیفیت نمونه‌های ورودی، به روزرسانی تجهیزات و روش‌های جداسازی استفاده شده و افزایش مهارت و تجربه پرسنل شاغل در این بخش اشاره کرد.